El ABC de RMarkdown

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.pull-right[<br>
<img src="data:image/png;base64,#css/xolo.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
]

# Contenido:

1. ¿Qué es y para que sirve RMarkdown?
2. Primeros pasos: Crear un archivo `.Rmd`
3. Sintaxis Markdown:
  
  3.1 Elementos de bloque:
    - Encabezados
    - Listas
    - Citas
    - Párrafos 
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class: inverse

.pull-right[<br>
<img src="data:image/png;base64,#css/xolo.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
]

# Contenido:

3.2 Elementos de línea:
  - Énfasis 
  - Expresiones matemáticas 
  - Enlaces
  - Código
  - Comentar texto
  - Imagen 
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# Agradecimientos

Este contenido se basó en:

- [Advanced R Markdown Workshop rstudio::conf 2019](https://arm.rbind.io)
- [R Markdown Cookbook](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/)

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# Preparar nuestra sesión de R

```r
# Instalar desde el repositorio de CRAN
install.packages("rmarkdown")

# O también puedes instalar la versión en desarrollo
if (!requireNamespace("devtools"))
  install.packages('devtools')
devtools::install_github('rstudio/rmarkdown')

# Instalar la paquetería para poder compilar en LaTeX
install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()  # install TinyTeX
```

Con RStudio en automático tenemos [**pandoc**](http://pandoc.org/) y [**knitr**](https://yihui.org/knitr/)

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class: inverse

# 1. ¿Qué es y para que sirve RMarkdown?

**Rmarkdown** se basa en el lenguaje *markdown* que sirve para convertir texto plano a formato HTML. Este tipo de archivo de archivo esta disponible en RStudio, y esto nos permite integrar código con texto.

Puedes obtener los siguientes archivos de salida:

- PDF
- HTML
- Microsoft Word

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`.Rmd` es nuestro archivo editable y consta de metadata, texto y bloques de código. `Knit` convierte el `.Rmd` en `.md` (*Tejer*). `Pandoc` hace la introversión entre los distintos tipos de archivos de salida.

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# Algunos usos

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##Agregar en un informe la información de una localización

```r
library(leaflet)
leaflet() %>% addTiles() %>% setView(lat = 18.95, lng = -99.239, zoom = 13)
```

<div id="htmlwidget-0e17fa8ceb48d6698a88" style="width:100%;height:432px;" class="leaflet html-widget"></div>
<script type="application/json" data-for="htmlwidget-0e17fa8ceb48d6698a88">{"x":{"options":{"crs":{"crsClass":"L.CRS.EPSG3857","code":null,"proj4def":null,"projectedBounds":null,"options":{}}},"calls":[{"method":"addTiles","args":["https://{s}.tile.openstreetmap.org/{z}/{x}/{y}.png",null,null,{"minZoom":0,"maxZoom":18,"tileSize":256,"subdomains":"abc","errorTileUrl":"","tms":false,"noWrap":false,"zoomOffset":0,"zoomReverse":false,"opacity":1,"zIndex":1,"detectRetina":false,"attribution":"© <a href=\"https://openstreetmap.org\">OpenStreetMap<\/a> contributors, <a href=\"https://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.0/\">CC-BY-SA<\/a>"}]}],"setView":[[18.95,-99.239],13,[]]},"evals":[],"jsHooks":[]}</script>

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class: center

## Poner la chicharronera (Fórmula cuadrática en un texto)

Esto es la chicharronera dentro de un texto `$$x = \frac {-b \pm \sqrt {b^2 - 4ac}}{2a}$$`

Y puedo seguir describiendo lo que siga haciendo.

`$$\text{La Fórmula Cuadrática es }x = \frac {-b \pm \sqrt {b^2 - 4ac}}{2a}$$`
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.center[
# Ejemplos de uso y páginas útiles
]

- [RPubs](https://rpubs.com)
- [Generar correos personalizados](https://rmarkdown.rstudio.com/articles_mail_merge.html)
- [Escribir artículos](https://elifesciences.org/labs/cad57bcf/composing-reproducible-manuscripts-using-r-markdown)
  - [rticles](https://github.com/rstudio/rticles)
- [Escribir Libros](https://bookdown.org/)
  - [Escribir tesis](https://eddjberry.netlify.com/post/writing-your-thesis-with-bookdown/)
- [Crear sitios web](https://github.com/seankross/postcards)

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.center[
# Crear un archivo `Rmd`
]

## Paso 1

<img src="data:image/png;base64,#img/abrir_rmd.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
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## Paso 2

<img src="data:image/png;base64,#img/rmd_op.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
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# Listo, tenemos un archivo listo `Rmd`

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# Estructura básica del RMarkdown

**YAML**
```yaml
---
title: "Bienvenido CDSB 2022"
author: "EMB 2022"
date: "2022-08-01"
output: html_document
---
```

Aquí podemos configurar nuestro archivo markdown. Básicamente aqui suceden todos los cambios en el formato, para hacer paginas web, diapositivas o informes.

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# Estructura básica del RMarkdown

**Markdown**
````markdown
Parrafo de R Markdown.

Esto es un fragmento de código o "chunk":

```r
fit = lm(dist ~ speed, data = cars)
b   = coef(fit)
```

La pendiente de la regresión es -17.5790949.
````
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# Sintaxis básica. Encabezados.

Encabezados de estilo Setext

Título de nivel 1
===================

Título de nivel 2
-------------------

````
]

Título de nivel 2
-------------------
]

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# Sintaxis básica. Encabezados.

Encabezados de estilo ATX. Un encabezamiento de estilo ATX consta de uno a seis signos # y una línea de texto

## Título de nivel 2

### Título de nivel 3

#### Título de nivel 4
````
]

## Título de nivel 2

### Título de nivel 3
]
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# Sintaxis básica. Citas en bloque.

.pull-left[
````markdown
> Esto es una cita en bloque. Este
> párrafo tiene dos líneas.
>
> 1. Esta es una lista dentro de una cita
> 2. Segundo elemento
````
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/quotes.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]

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# Sintaxis básica. Citas en bloque.

.pull-left[
````markdown
> Esto es una cita en bloque.
>
> > Cita en bloque, dentro de cita en bloque.
````
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/quote_in.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]

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# Sintaxis básica. Texto en bloque.

Útil para cuando queremo ocupar sangrias especificas en el texto.

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/poem.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />

]
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# Sintaxis básica. Listas.

Para las listas puedes utilizar los siguientes símbolos: `*`, `+`, `-`, números y letras. ¿Qué le falta a la lista (lado izquierdo)?

```r
* Lista principal
  + manzanas
    - amarilla
    - roja
  + pera
  + durazno
```

]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/list_apple.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
]

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# Sintaxis básica. Listas.

**NOTA**: si quieres que se enumeren automaticamente usa `*.` en tus listas. Vamos a probarlo.

```r
9)  Nueve
10) Diez
11) Once
    i.  subuno
    ii. subdos
    iii. subtres
```
]

.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#img/list_num.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
    
]

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# Sintaxis básica. Listas.

```r
- [ ] an unchecked task list item
- [x] checked item 
```

```r
Definicion 1

:   Definicion 1

Termino 2 con *resaltado*

:   Definicion 2

{ algo de codigo, parte de Termino 2 }

Tercer parrafo de definicion 2.
```
]

<img src="data:image/png;base64,#img/list_adv.png" width="100%" style="display: block; margin: auto;" />
  
]
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# Actividad

1. Abre un `.rmd`.
2. Intenta hacer una lista con dichos mexicanos famosos. 
3. Compartenos tu resultado en HTML.

## Ejemplo

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# Sintaxis básica. Bloques de código.

RMarkdown tiene la disponibilidad de "chunks"

Vamos RStudio a ver como hacerlo!!!

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.pull-right[<br>
<img src="data:image/png;base64,#css/xolo.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />

]